Le lecteur est invité à incarner Yosuke Ito, un lycéen de 16 ans qui reçoit une lettre lui annonçant qu'il peut intégrer le nouveau programme Blue Lock, mis en place afin de repérer puis d'entraîner les futurs meilleurs joueurs du pays. Pour atteindre son but et remporter le jeu, le protagoniste doit déjouer les pièges de ses adversaires et cheminer jusqu'à la sélection nationale.